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【予果生物夏涵博士专门访问】机器学习+高质量的生信分析将提升mNGS辅助诊断能力

临床 2020-07-31 SG讲故事 读取中...人已围观

简介原标题:【予果生物夏涵博士专门访问】机器学习+高质量的生信分析提升mNGS辅助诊断能力NGS的应用扩展到病原微生物领域,是感染诊断行业的一大重要进展,予果生物作为中华民族宏基因组手艺应用于病原感染诊断

原标题:【予果生物夏涵博士专门访问】机器学习+高质量的生信分析将提升mNGS辅助诊断能力将NGS的应用扩展到病原微生物领域,是感染诊断行业的一大重要进展,予果生物作为中华民族最早将宏基因组手艺应用于病原感染诊断的公司之一,近年来成果颇丰,据悉于六月底已经完成千万元Pre-A2轮融资,在病原微生物数据分析方向有独特的手艺与经验,由此此次MDx组委特邀予果生物创始人兼CEO夏涵博士作深度专门访问,抢先分享他和团队在在mNGS应用于病原微生物诊断领域的领先经验。

将于2020年8月13-14日在上海市静安洲际酒店召开的行业品牌盛会“MDx2020第六届先进分子诊断手艺与应用论坛”也有幸邀约夏博士到MDx2020x出席现场圆桌讨论,分享他和团队在病原微生物诊断领域的成果和心得。

夏涵予果生物创始人兼CEO计算机博士在读。欧洲知名病理实验室成员,师从皇家科学院院士Ulf Landegren并获硕士学位,复旦大学本科学历。曾获欧洲风投大赛奖金,近10年跨国药企工作经验,参与多款blockbuster新药上市工作,曾联合创立知名测序企业。

MDx2020组委:您对于病原/微生物检测领域经验非常丰富,请您分享下在提高病原检测阳性率、准确率存在的瓶颈以及潜在的解决思路?

夏涵博士:相比较于传统的微生物培养、抗原抗体检测、或是PCR方法,由于非靶向性检测的手艺特点使mNGS方法学的对病原核酸检测的总体灵敏度有大幅提升,这点已经得到市场的广泛认知。予果是国内最早将mNGS应用到病原微生物检测领域的企业之一,中美团队在微生物基因组学方面有几十年的经验积累。

得益于此,我们在一十六年承接科技部十三五重大专项的时许候,选择了一条独特的手艺路线,开展中枢神经系统的mNGS研发工作。从这个适应症首先切入,是基于我们判断中枢神经系统感染诊断的临床需求最大,mNGS对于阳性率提升最大,临床意义显着。

自mNGS问世以来,我们一直以为这是一个更加偏诊断而非检测的产品,即我们最后终于提供临床的并非只是检出微生物的种类,而是要通过我们的判断提示临床哪些是可能的真正致病病原体。为提升产品性能,在宏观层面,我们有两个大的思路:展开全文mNGS的研发过程需要大量的、高质量的临床数据输入,我们在16-18年的科研合作中,将近万份的高质量临床数据“喂”入我们的研发体系,在算法迭代过程中,我们看到了明显的准确率提升。

2.研发、市场一体化策略。病原mNGS产品在临床感染诊断上带来准确率提升和范式改变是前所未有的,所以用现有的临床金标准去评价某mNGS产品的性能,可能不是最好的办法。而合适方法可能是由临床专家评价mNGS检测结果对最后终于临床治疗效果的指导意义。予果投入了大量的市场和手艺支持人员在一线,确保我们的产品是符合临床判断的。产品性能的升级是天天都在发生,渐进式的积累。

MDx2020组委:病原微生物宏基因组学慢慢成为临床感染性疾病微生物检测的重要工具,然而临床端对于宏基因组病原体检测产品仍有很多未满足的需求与手艺进步空间。您以为可以从哪几个方面加速宏基因组病原体检测产品的优化、做大市场?

夏涵博士:我更愿意称之为辅助诊断决策的产品。

上述的手艺策略外,在产品策略和商业策略上,我们以为的一些关注方向包括如下三点:1.深耕不同的样本类型,做好专业化区分。当前市场上主流的样本类型包括脑脊液、肺泡灌洗液、血液等。mNGS虽然是一个“普筛”的、“一网打尽”微生物的手艺,但不一样本类型的研发是很不似的的。我们从脑脊液着手构架了我们整个手艺体系的1.0和2.0版本,底层架构搭好后,对更加复杂的肺泡灌洗液和更挑战的血液样本,用不同的研发策略去逐个突破。

2. 教育先行。从行业经验角度来看,我们看到在过去的二十多年,当外资的医疗企业将世界上先进的产品引入中华民族的时许候,往往三步走:高水平、高强度的市场教育;逐年合理降价;进入医保,普惠大众,数年后中华民族该领域的诊疗水平提升至世界级的高度。这是行业良性发展的路线和格局。予果搭建的团队以及予果选择的投资人们都具有深厚的诊疗新产品上市经验,所以在市场教育方面会不断发力。

mNGS的特性来看,由于mNGS带来新的信息超越了医生所接受的传统医学教育;由于mNGS在病原微生物的诊断方面还远不够完善,所以临床上不断持续的疑惑会产生。行业从业者,必须第一时许间做出反馈,或者跟临床专家一起去深度合作、解决问题。举个例子,有客户基于对PCR的理解,以为测序序列数更多反映的是产品灵敏度更高,相似这样的误区均为需要通过大量的市场教育让客户更好的认识测序手艺。

3. 合理定价。mNGS从手艺上不是一蹴而就的,还有非常大的上升空间,且新手艺新产品的早些时期推广需要大量的市场教育和试错空间,投入成本非常高。mNGS产品应该有个合理定价,匹配临床需求,在市场和病人教育一步一步充分后,一步一步降价,普惠大众。否则,如果手艺和产品尚未成熟,在mNGS的诊断能力还不完善的时许候就将以降价为先,那么整个行业的手艺升级比临床应用就会较困难。

MDx2020组委:据悉予果生物已研发出云端病原微生物数据分析系统PACE,能够助力快速、准确检测病原,请您谈谈在对于临床样本的病原分析、算法等方面的领先经验以及还有什么挑战,难点?

夏涵博士:现有的手艺在区分活菌和死菌,病原体和定植菌方面还存在非常大的挑战,这需要实验手艺和数据分析算法共同进步解决这一问题。

RNA-seq检测病原体的表达水平,结合宿主的表达谱特点,将患者临床症状、影像结果、标本生理生化检测结果、用药治疗情况纳入数据分析过程,将是解决这些难题,提升mNGS辅助诊断能力的重要方法。

MDx2020组委:关注予果生物在抗击新冠疫情方面也有异常之多的工作,请您分享下这期间的工作成果与心得,并且在此种环境下,公司未来有哪些战略布局及研究开发策略?

夏涵博士:新冠病毒的筛查工作本质上更加偏公共卫生领域,我们响应号召,利用qPCR手艺服务了很多复产复工和普通大众的筛查需求。而测序手艺在新冠中的应用更多的是帮助发现新现象、更加深入理解病原学。我们和一些顶级PI共同做了研究,实验结果非常好,体现了我们对DNA和RNA的检测和分析能力。盼望结果公开后,跟行业共同分享沟通。

非常感谢夏涵博士应邀此次采访,我们也盼望夏涵博士在MDx2020现场为大家业界同仁带来更多研发实践应用的分享。

END何皓,深圳市光与生物创始人&CSO;

董增军,鲲鹏医疗投资合伙人,中华民族生物工程学会精准医学专业委员会秘书长;

郑直,中华民族医学科学院基础医学研究所教授,仪器中心主任;

蔡从利,武汉致众科技常务副总经理;

张鹏,高特佳投资执行合伙人;

欧阳卓君,同泽合信总经理张亚飞,迈杰董事长及首席执行官……返回搜狐,查看更多责任编辑:

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